Знаменский женский монастырь в Иркутске был заложен на месте впадения реки Ии в реку Ангару в 1689 году. В 1764 году он был положен в 3-м классе, в 1836 году переведён во 2-й класс, с 1872 года здесь введено общежитие.

Деревянные храмы, возведённые в 1693 и 1727 годах на территории Знаменского женского монастыря в Иркутске, быстро ветшали, в 1757 году начато строительство каменной церкви во имя Знамения Божией Матери на средства иркутского купца Ивана Бичевина. Первым освящен Николаевский придел в 1760 году, остальные последовательно достраивались и освящались с 1762 по 1794 годы. Настоятельский корпус отстроен в 1797 году, второй его этаж достроен в 1858 году. Второй храм, святых Димитрия и Трифона, возведён и освящен в 1818 году. Монашеские кельи вдоль северной границы Знаменского женского монастыря построены благодаря купцу Н.С.Чупалову в это же время. Здесь находятся захоронения княгини Трубецкой с детьми. С 1872 года при монастыре стала действовать больница для монашествующих. В обители находился странноприимный дом. А вскоре открылась образцовая школа женского духовного училища.

В Советское время Знаменский женский монастырь в Иркутске был закрыт. Позже в нем размещались гараж и авиаремонтные мастерские. Знаменский собор возвращен церкви и в 1948 году вновь становится кафедральным. В 1990 году в соборе были обретены мощи святого Иннокентия, епископа Иркутского. После этого жизнь Знаменского женского монастыря в Иркутске начала постепенно возрождаться. Обитель духовно просвещает и окормляет Иркутскую женскую православную гимназию, школы-интернаты и детские дома. Здесь также располагаются мастерская для рукоделия и свечной завод.

В настоящее время является действующим, ведутся богослужения в церквях монастыря.