На территории Иркутской области находятся несколько природных заповедников, заказников как областного, так и федерального значения, а также многочисленные памятники природы. Все это относится к особо охраняемым природным территориям, на которых в естественном состоянии сохраняется вся фауна и флора: типы ландшафтов, виды растений и животных. Площадь охраняемых территорий составляет 2340,6 тыс. га. Это 3,1% от площади области. Самый крупный заповедник Иркутской области – Байкало-Ленский. В нем обитают 50 видов млекопитающих, 240 видов птиц,15 видов рыб. Самые многочисленные животные заповедника это медведь, лось, соболь, белка. 5 видов птиц, обитающих в заповеднике, занесены в Красную Книгу России. Это орлан-белохвост, сокол-сапсан и др. Прибайкальский национальный парк с его уникальной природой и животным миром известен даже далеко за пределами Иркутской области.

Заказники – это участки, на которых охраняются отдельные элементы природного комплекса – животные, растения, птицы. На них разрешены некоторые виды хозяйственной деятельности, которая не наносит ущерба природе. Как правило в заказниках не бывает туристических стоянок или баз, передвижение по ним ограничено. В заказниках поддерживают и способствуют размножению ценных видов животных, создают условия для проживания и гнездования редчайших видов птиц.
Один из самых известных заказников –Магданский был образован в 1973 году. В нем, как и в остальных, обитают животные, типичные для этих мест и весьма редкие. Считается, что Магданский заказник обладает практически совершенными условиями для их проживания и размножения, поэтому его животный мир чрезвычайно разнообразен. В реках заказника нерестятся самые ценные породы рыб – кета, нерпа, лосось. Как заповедники таки заказники Иркутской области внесены в Реестр ПТ Российской Федерации.